L'organo supremo dell'associazione è l'Assemblea dei delegati, che di regola si riunisce una volta all'anno e decide sulle questioni più importanti: direttive e statuti, elezione del Comitato centrale, lancio di iniziative popolari e molto altro ancora. Hanno diritto di voto i delegati delle Sezioni cantonali dell'ATA.

Le Sezioni dell'ATA sono associazioni con personalità giuridica propria. Durante le regolari assemblee di pianificazione, i loro rappresentanti concordano col Comitato centrale e con la Direzione nazionale i punti forti dell'azione dell'ATA e i programmi annuali. Le Sezioni romande hanno un organo consultivo comune: la Concertation romande.

Il Comitato centrale è l'organo esecutivo dell'ATA: rappresenta l'ATA verso l'esterno e mette in pratica le decisioni prese dalle Assemblee dei delegati e dalle Assemblee di pianificazione.

Il Segretariato centrale cura gli affari correnti dell'associazione. La Direzione, composta da quattro membri, è responsabile per la conduzione operativa dei settori della politica dei trasporti, della comunicazione, dell'amministrazione e delle prestazioni commerciali.